1. Pembantaian massal (1965-1970), Jumlah korban 1.500.000, Korban sebagian besar merupakan anggota PKI, atau ormas yang dianggap berafiliasi dengannya seperti SOBSI, BTI, Gerwani, PR, Lekra, dll. Sebagian besar dilakukan di luar proses hukum yang sah.
2. Penembakkan misterius �Petrus� (1982-1985), Jumlah korban 1.678, Korban sebagian besar merupakan tokoh kriminal, residivis, atau mantan kriminal. Operasi militer ini bersifat illegal dan dilakukan tanpa identitas institusi yang jelas.
3. Kasus di Timor Timur pra Referendum (1974-1999), Jumlah korban Ratusan ribu, Dimulai dari agresi militer TNI (Operasi Seroja) terhadap pemerintahan Fretilin yang sah di Timor Timur. Sejak itu TimTim selalu menjadi daerah operasi militer rutin yang rawan terhadap tindak kekerasan aparat RI.
4. Kasus-kasus di Papua (1966-�..), Jumlah korban Ribuan, Operasi militer intensif dilakukan oleh TNI untuk menghadapi OPM. Sebagian lagi berkaitan dengan masalah penguasaan sumber daya alam, antara perusahaan tambang internasional, aparat negara, berhadapan dengan penduduk local.
5. Kasus-kasus di Aceh pra DOM (1976-1989), Jumlah korban ribuan, Semenjak dideklarasikannya GAM oleh Hasan Di Tiro, Aceh selalu menjadi daerah operasi militer dengan intensitas kekerasan yang tinggi.